Nasceu em uma pequena cidade da Paraíba, chamada Alagoa Nova, filho de agricultores veio muito cedo para o interior de São Paulo, Monte Alto, onde ficou até a sua juventude. Desde criança foi engajado no serviço pastoral da igreja, aos nove anos fazia catequese e cantava no coral de crianças da comunidade São Francisco de Assis, neste mesma comunidade fundou o grupo de jovens e foi coordenador. Fundou também o grupo de oração Discípulos de Jesus na comunidade São Cristóvão, foi coordenador do ministério jovem da Renovação Carismática Católica de Jaboticabal. 
         Estudou filosofia e teologia no Instituto São Boaventura na Diocese de Santo Amaro por dois anos, e foi diretor espiritual no seminário de teologia. Fez parte do conselho pastoral da diocese por quatro anos, até finalmente, fundar a Fraternidade São João Paulo II, no dia 1 de maio de 2012. Cujos pilares se apresentam salvar a juventude, santificar o clero e restaurar as famílias.

            Inúmeros são os seus ensinamentos, a fundação da Fraternidade São João Paulo II corresponde ao encontro do desejo de santidade e é fruto da experiência do amor de Deus vivido pelo Padre. O carisma do fundador é, portanto, para nós, aquele dom pessoal que estando na origem da experiência da fundação, traça as linhas espirituais essenciais que caracterizam a própria identidade do Instituto, sua missão na Igreja, sua espiritualidade peculiar. 

           Agradecemos a graça de Deus de nos entregar este homem, que assumiu corajosamente sua missão, animado pela fé em Deus, que busca dar razão a sua esperança. 

               Hoje, Padre Ailton Fernandes é pároco na Paróquia Nossa Senhora do Perpétuo Socorro e Santa Rosália, assume seu papel de fundador na Fraternidade São João Paulo II, e com muito empenho e sabedoria, administra suas obras de caridade inspiradas por Deus ao carisma da Fraternidade.